Мусор в папке с Мирандой
Под мусором подразумеваются неиспользуемые иконки, скины, плагины и прочее.

Предварительный бэкап обязателен!

Плагины
Самое простое - с плагинами, открываете раздел Модули настроек и смотрите, всё ли у вас включено. Ещё одна ошибка - использование таких устаревших плагинов, таких как FontService, IconLib и т.п. - их функционал давно включён в ядро Миранды. Тоже касается chat.dll если у вас стоит tabsrmm или scriver (для tabsrmm включите интеграцию чата в Настройки- Беседы-Чаты).

Скины
Со скинами тоже есть достаточно простой вариант: если Вы уж совсем запутались в своём бардаке, удаляйте по вашему мнению, ненужные скины, пока не заметите, что у вас что-то не отобразилось.

Иконки
С иконками делаем так: залезаем в папку с иконками и сначала смотрим на dll вида proto_icq, proto_jabber и т.п. Если у вас в папке с иконками, например лежит proto_gg, а Gabu-Gabu Вы точно в сборку не включили - удаляйте. Также поступаем с dll типа proto_conn_***, xstatus_***. Если у Вас есть плагин FingerPrint, то надо помнить, что его иконки, по-умолчанию, храняться в Icons/FingerPrint и, при отсутсвии соответствующих протоколов могут быть баластом. Но, удаляя неиспользуемые иконки помните, что если юзер решит добавить в сборку протоколы, которых по-умолчанию нет, то он может не увидить ни значков статуса, ни значков клиентов. Обдумайте этот момент. Также проверьте ещё один аспект: если у вас есть два-три пакета иконок, откуда берёте "с мира по нитке" - объедините нужные вам иконки с помощью Restorator - редактора ресурсов. Если у кого-то возникнут вопросы как это сделать - спрашивайте, я опишу.

Документация
С документами наверно самая нудная работа. Если Вы ещё не сделали таблицу используемых компонентов - сделайте. Всё равно без неё Вы с очень Высокой вероятностью не пройдёте сертификацию. Для этого сначала зайдите в вашу папку Docs (или как Вы её там назвали) и нажмите Ctrl+A-Delete-Enter. С созданием таблицы плагинов нечего из там лежащего вам больше не понадобится. Потом скачайте пример таблицы в архиве. Даже, если Вы не знаете HTML, я думаю не сложно будет составить таблицу по аналогии с уже готовыми пунктами. Веб-сайт разработчика можно посмотреть опять же в Настройки-Модули. Лицензия обычно указана на официальном сайте плагина или на его странице Аддонсов.

Смайлы
Ну, здесь наверно проще всего, смотрите что не используется. И, задумайтесь ещё раз, всё ли из там лежащего вам так нужно? Для ICQ, например, я бы остановился на стандартном пакете Колобков от Aiwan'a. Их понимают как большинство сборок, так и QIP. Но здесь - дело вкуса.

Языковой пакет
Поскольку, этот гайд направлен, в основном, на русское сообщество Миранды, я опишу ещё один способ хоть незначительно, но уменьшить размер сборки за счёт оптимизации размера языкового пакета. Самым актуальным, на сегодняшний день, считается версия перевода от BasiL&Ko. Особенностью пакета является то, что работа по его поддержке осуществляется через SVN, а для более простого обновления пакета создат специальный сценарий-генератор, который создаёт пакет на основе Version Info пользователя, что обеспечивает меньший вес и лучшее быстродействие. Воспользоваться всем эти можно просто: выкачиваем SVN отсюда (для подобных действий рекомендую программу TortoiseSVN), с помощью плагина, способного создавать Version Info-отчёты (например, Crash Dumper) сохраняем информацию о своих версиях в корень локальной копии SVN, назвав файл VersionInfo.txt и запускаем make.cmd. Вуаля! Актуальный и свежий перевод готов. Только учтите, что если ваши пользователи захотят добавить в сборку какой-нибудь модуль, то перевода он иметь не будет. Использовать или нет - дело ваше.

Структура папок
Многие плагины создают папки, для хранения своих данных. Их структура не всегда логична: например, если Вы, без всяких плагинов можете положить скины Modern Contact-List, TabSRMM и IEView куда угодно (например, %miranda_path%/Skins), то с такими плагинам, как Tipper YM и PopUp Plus такие фокусы не пройдут - они сканируют наличие скинов только в определённой папке. И, если для Tipper YM эта папка вполне логична (%miranda_path%/Skins/Tipper), то PopUp принимает по-умолчанию скины только из %miranda_path%/Plugins/PopUp (причём, даже эту папку он самостоятельно не создаёт, чем вводит в заблуждение). Но не всё так грустно - нас спасёт плагин Folders: он позволяет изменять пути к различным данным плагинов, что даёт возможность выстроить логичную структуру. Единственное, в плагине, пути которого Вы хотите изменить, должна быть поддержка Folders.

Исправления и дополнения приветствуются.